제페토 할아버지가 만들어낸 나무 인형 피노키오는 파란 요정의 마법으로 진짜 소년처럼 살아 움직인다. 그러던 어느 날, 피노키오는 자신을 찾아 바다로 떠난 제페토 할아버지가 고래에게 잡아 먹혔다는 이야기를 듣고 할아버지를 구하기 위해 위험한 바다로 떠난다. 과연 피노키오는 제페토 할아버지를 구하고 다시 행복해질 수 있을까?